Per oltre cent'anni l'eziopatogenesi del sinus pilonidalis è stata considerata embrionale. Questa teoria è ormai stata abbandonata. La patogenesi non è tuttora completamente chiarita. Attualmente si ipotizza una genesi multifattoriale. Secondo tale ipotesi il sinus pilonidalis si sviluppa come una fossetta a forma di depressione nella rima ani, direttamente sopra il coccige. Qui, a causa dello stress meccanico, in particolare da seduti (jeep driver disease), si verifica uno stiramento dei follicoli piliferi, che alla fine si rompono. Con la costante macerazione penetrano germi e in particolare peli spezzati, che portano a un'infiammazione acuta o cronica. Il tumore molle e pastoso si diffonde attraverso un sistema fistoloso molto ramificato verso i lati e nei casi estremi anche fino all'ano.
Uno o più dei seguenti fattori vengono discussi come fattore di rischio per lo sviluppo di un sinus pilonidalis:
- Crescita pilifera abbondante
- Solco gluteo profondo (sovrappeso)
- Irritazione locale
- Igiene insufficiente
- Anamnesi familiare positiva