Yüzyılı aşkın bir süre boyunca pilonidal sinüsün etiyopatogenezi embriyonal kökenli olarak kabul edilmiştir. Bu teori artık terk edilmiştir. Patogenez günümüzde hâlâ tam olarak aydınlatılamamıştır. Şu anda multifaktöriyel bir köken olduğu düşünülmektedir. Buna göre pilonidal sinüs, koksiksin hemen üzerindeki rima ani'de çukurcuk şeklinde bir çöküntü olarak gelişir. Burada mekanik stres, özellikle otururken (jeep driver disease), kıl foliküllerinin gerilmesine ve sonunda yırtılmasına yol açar. Sürekli maserasyon durumunda mikroorganizmalar ve özellikle kırılmış kıllar içeri girerek akut veya kronik bir enflamasyona neden olur. Hamur kıvamındaki yumuşak tümör, çok yaygın bir fistül sistemi aracılığıyla yanlara ve aşırı durumlarda anüse kadar yayılır.
Aşağıdaki faktörlerden bir veya birkaçı, pilonidal sinüs gelişimi için risk faktörü olarak tartışılmaktadır:
- Yoğun kıl gelişimi
- Derin gluteal oluk (fazla kilo)
- Lokal irritasyon
- Yetersiz hijyen
- Pozitif aile öyküsü