Durante más de cien años, la etiopatogenia del sinus pilonidal se consideró de origen embrionario. Esta teoría ha sido abandonada entretanto. La patogenia no está completamente aclarada hasta hoy. Actualmente se parte de una génesis multifactorial. Según esta, el sinus pilonidal surge como una depresión en forma de hoyuelo en la rima ani directamente sobre el coxis. Aquí, debido al estrés mecánico, especialmente al sentarse ( jeep driver disease) se produce una distensión de los folículos pilosos, que finalmente se rompen. Con maceración constante, penetran gérmenes y especialmente pelos rotos, que conducen a una inflamación aguda o crónica. El tumor blando y pastoso se extiende a través de un sistema de fístulas muy ramificado hacia los lados y en casos extremos también hasta el ano.
Uno o varios de los siguientes factores se discuten como factores de riesgo para la formación de un sinus pilonidal:
- Crecimiento piloso vigoroso
- Surco glúteo profundo (Sobrepeso)
- Irritación local
- Higiene insuficiente
- Antecedentes familiares positivos