El sinus pilonidal se considera hoy en día una enfermedad adquirida con disposición familiar, caracterizada por una inflamación aguda o crónica en el tejido subcutáneo de la región del coxis. Su incidencia está aumentando en todo el mundo. El sexo masculino se ve afectado más del doble de veces. El pico de la enfermedad desde la pubertad hasta la cuarta década de la vida explica la alta importancia socioeconómica debido a las limitaciones en la educación y la vida laboral diaria.
La causa, según el estado actual, son los fragmentos de cabello cortado que se originan en la parte posterior de la cabeza durante el corte de pelo, que caen a lo largo del surco de sudor posterior hacia el pliegue interglúteo, se enderezan y luego se clavan en la piel. Un pliegue anal profundo y los movimientos de rodadura de las nalgas favorecen la penetración de los cabellos cortados de bordes afilados que han caído en la piel. La mayoría de los cabellos que se encuentran en el nido del sinus pilonidal miden 5 -10 mm de largo y están cortados en uno o dos lados. En pacientes con sinus pilonidal, se encuentran cabellos con tallos significativamente más rígidos. La penetración del cabello depende de la orientación de las escamas. Se desarrolla un granuloma de cuerpo extraño que ya no se cura espontáneamente. Puede ser asintomático o infectarse y así volverse clínicamente evidente. Aunque un trauma no genere un sinus pilonidal, un trauma por impacto puede cerrar edematosamente un conducto asintomático singular y así llevar a un primer evento con retención y dolor o secreción.
Una fuerte vellosidad parece promover la enfermedad del sinus pilonidal, siendo la teoría que una fuerte vellosidad interglútea mantiene los cabellos cortados que caen más tiempo en el lugar y una duración de exposición prolongada permite una mayor clavada. Por lo tanto, una buena higiene corporal con baños y duchas regulares parece estar asociada con una menor frecuencia de la enfermedad, porque así se asegura la eliminación regular de fragmentos de cabello cortado afilados del pliegue anal.