Il sinus pilonidalis è oggi considerato una malattia acquisita con predisposizione familiare, caratterizzata da un'infiammazione acuta o cronica del tessuto sottocutaneo della regione coccigea. La sua incidenza è in aumento in tutto il mondo. Il sesso maschile è colpito più del doppio delle volte. Il picco di malattia dalla pubertà fino al quarto decennio di vita spiega l'elevata rilevanza socioeconomica dovuta alle limitazioni nella formazione e nella vita professionale quotidiana.
Secondo le conoscenze attuali, la causa sono i frammenti di capelli tagliati che si formano sulla nuca durante il taglio dei capelli, i quali cadono lungo il solco sudoripare posteriore fino alla piega interglutea, si raddrizzano e poi si conficcano nella cute. Una profonda piega anale e i movimenti di sfregamento delle natiche favoriscono la penetrazione nella cute dei capelli tagliati dai bordi taglienti caduti. La maggior parte dei capelli riscontrabili nel nido del sinus pilonidalis è lunga 5-10 mm e tagliata su uno o due lati. Nei pazienti con sinus pilonidalis si riscontrano capelli con fusti significativamente più rigidi. La penetrazione del capello dipende dall'orientamento delle squame. Si sviluppa un granuloma da corpo estraneo che non guarisce più spontaneamente. Può essere asintomatico oppure infettarsi e diventare così clinicamente evidente. Anche se un trauma non genera un sinus pilonidalis, un trauma contusivo può chiudere edematosamente un singolo tragitto asintomatico e portare così a un primo evento con ristagno e dolore o secrezione.
Una forte pelosità sembra favorire la malattia del sinus pilonidalis; la teoria è che una forte pelosità interglutea trattenga più a lungo in sede i capelli tagliati caduti e che una durata di esposizione prolungata consenta una maggiore penetrazione. Pertanto una buona igiene corporea con bagni e docce regolari sembra essere associata a una minore frequenza della malattia, poiché garantisce la rimozione regolare dei frammenti taglienti di capelli tagliati dalla piega anale.