Pendant plus de cent ans, l'étiopathogénie du sinus pilonidal a été considérée comme embryonnaire. Cette théorie a désormais été abandonnée. La pathogenèse n'est toujours pas entièrement élucidée à ce jour. On suppose actuellement une origine multifactorielle. Selon cette hypothèse, le sinus pilonidal se forme comme une invagination en forme de fossette dans le sillon interfessier, directement au-dessus du coccyx. Ici, un stress mécanique, en particulier en position assise (jeep driver disease), provoque l'étirement des follicules pileux, qui finissent par se rompre. En cas de macération constante, des germes et surtout des poils cassés pénètrent, entraînant une inflammation aiguë ou chronique. La tumeur molle et pâteuse se propage via un système de fistules très ramifié vers les côtés et, dans les cas extrêmes, jusqu'à l'anus.
Un ou plusieurs des facteurs suivants sont discutés comme facteurs de risque pour le développement d'un sinus pilonidal :
- Pilosité importante
- Sillon interfessier profond (surpoids)
- Irritation locale
- Hygiène insuffisante
- Antécédents familiaux positifs